Alkohol w życiu płodowym dziecka, może doprowadzić do nieodwracalnych zmian strukturalnych i funkcjonalnych mózgu. Pewne obszary mózgu są szczególnie wrażliwe na działanie alkoholu i ulegają największym uszkodzeniom pod jego wpływem.

Wśród nich wymienić należy:

Jądra podstawne odpowiedzialne są za motorykę, procesy poznawcze w tym za zdolności przyswajania wiedzy i funkcje wykonawcze (zdolność przełączania się z zadania na zadanie, hamowania niestosownych zachowań, pamięć przestrzenną).

Ciało modzelowate przekazuje informacje między prawą i lewą półkulą, stanowi rolę „łącznika” między półkulami. Zaburzenia funkcjonowania ciała modzelowatego wiążą się z :

• deficytami uwagi
• problemami z koncentracją
• problemami z funkcjonowaniem intelektualnym
• problemami z pisaniem i czytaniem
• problemami z pamięcią werbalną
• problemami z funkcjami wykonawczymi
• problemami z funkcjonowaniem psychospołecznym.

Móżdżek odpowiada zarówno za funkcje motoryczne - rozwój dużej motoryki (na przykład: skakanie, chodzenie) i równowagę, jak również uczestniczy w  procesach poznawczych. Zaburzenia funkcjonowania móżdżku przekładają się na problemy w nauce (przyswajania wiedzy), jak również zaburzenia równowagi i koordynacji.

Hipokamp bierze udział w procesach uczenia się i pamięci, i jest strukturą szczególnie wrażliwą na działanie alkoholu. Jego uszkodzenia decydują o kompleksowych problemach w przyswajaniu wiedzy.

Pod wpływem działania alkoholu może dojść do zmian w płatach czołowych, co wiąże się z:

• problemami w uczeniu się
• deficytami w zakresie funkcji wykonawczych (zdolność przełączania się z zadania na zadanie, hamowania niestosownych zachowań, pamięci przestrzennej)
• trudnościami w funkcjonowaniu społecznym (zaburzony osąd i kontrola impulsów)
• zaburzeń językowych i emocjonalnych.